La primera publicación sobre trabajos en Fisiología Vegetal data de 1939 y corresponde al Ing. Agr. Guillermo Covas. Sin embargo, Taleisnik & Goldberg (2017) propusieron que el impulso inicial para la disciplina en nuestro país, fue dado por los Ingenieros Agrónomos Enríque M. Sívori y Osvaldo Soriano. Ambos, eran discípulos del Ing. Agr. Lorenzo Parodi (docente tanto en la UNLP como en la UBA), quien los instó a tomar estudios de especialización en la disciplina de la Fisiología Vegetal.  

El 13 de octubre de 1966, a través de una presentación elaborada por el entonces, Decano de la Facultad de Ciencias Naturales y Museo y de la Facultad de Agronomía, Ing. Agr. Enrique M. Sívori, se unificaron la Cátedra de Fisiología Vegetal y Fitogeografía de la Facultad de Agronomía con la División de Biología Vegetal, el Laboratorio General de Fisiología y la Cátedra de Fisiología Vegetal de la Facultad de Ciencias Naturales y Museo, proponiendo la creación del primer Instituto de fisiología vegetal del país. La propuesta se fundamentó en que ambas Facultades desarrollaban en sus respectivos ámbitos  actividades científicas, técnicas y docentes correspondientes a la Fisiología Vegetal,  compartiendo la metodología, los laboratorios, invernáculos, y cámaras de cultivo, equipos y demás insumos, así como también, los conocimientos básicos y el personal. Tal unificación de Cátedras y Laboratorios afines a ambas instituciones redundaría en la intensificación de los trabajos que se realizaban, y aportaría, mayor eficiencia a la investigación científica y a la enseñanza. La propuesta fue aceptada en 1967 por las respectivas facultades y por la Universidad Nacional de La Plata, creándose el Instituto de Fisiología Vegetal. El edificio, de una sola planta y un invernáculo, donde se emplazaría el instituto, se inauguró el 31/12/1970. Sin embargo, la fecha en que se conmemora la fundación del INFIVE es anterior a este hito: el 6 de agosto de 1970, día en que fue nombrado su primer director, el Dr. Enríque M. Sívori.

El desarrollo de la Fisiología Vegetal fue en paralelo con la evolución económica y política del país. En la Universidad Nacional de la Plata, se inició la formación de recursos humanos destinados a promover esta disciplina en todo el país. En 1982, el CONICET y la UNLP concretaron el Programa de Fisiología Vegetal: PRINFIVE, con el objetivo de fomentar las investigaciones fisiológicas y formar recursos humanos. El Programa planificó sus estudios tendiendo a resolver problemas de la producción agrícola y a indagar cuestiones que significaran un "hueco" en el conocimiento de los procesos fisiológicos determinantes de la productividad. Dichos "huecos" se detectaron en el caso del trigo, la papa, la soja, el Lotus y los cereales de invierno, entre otros. El Programa culminó en 1998 y desde entonces comenzó a denominarse al instituto con su sigla actual: INFIVE.

En 1994, se finalizó la ampliación y remodelación del edificio incluyendo la construcción de la segunda planta, de igual superficie que la planta baja. En 2011 se hicieron las obras de un segundo invernáculo en la terraza, equipado con un sistema de refrigeración por pantalla de agua y ventilador, además de media sombra automática para el verano, y con estufa radiante para el invierno. En la actualidad, está en plan de ejecutarse la construcción de otro edificio, dentro del predio, para albergar un aula y un auditorio.

A lo largo del tiempo, el personal científico del instituto fue afianzando diferentes líneas de investigación principales llevadas a cabo, actualmente, por un conjunto de aproximadamente 60 personas entre investigadores, técnicos y becarios.  Además de un rico trabajo puertas adentro del INFIVE, visible a través de las numerosas publicaciones, la mayoría de las líneas, mantienen contactos formales o convenios, comparten líneas de investigación o interactúan con otras instituciones a nivel local, como por ejemplo el IFEVA y varias dependencias del INTA, INTECH, CINDECA y el LIPA entre otras. Asimismo, varias de ellas cooperan con diversos grupos y laboratorios internacionales como el U. S. Department of Agriculture (USDA) y el Boyce Thompson Institute (Cornell University, USA),  Universidade Federal Rural do Sémi-árido (UFERSA, Brasil), Multidisciplinary Agroindustry Research Lab (Universidad Autónoma de Chile), Universidad de Bordeaux (Francia), entre muchas otras.

Como parte esencial de su funcionamiento desde sus inicios, el instituto alberga dos cátedras de Fisiología Vegetal, una perteneciente a la Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales (FCAyF), y otra a la Facultad de Ciencias Naturales y Museo (FCNyM), ambas de la Universidad Nacional de La Plata (UNLP). La docencia también se ejerce en cursos de postgrado, talleres de extensión a la comunidad educativa y al público en general. Paralelamente, el INFIVE juega un rol importante en la formación de pasantes de ambas facultades, y de tesinistas, en la investigación.

 Si bien la interacción con productores y empresas de la región siempre estuvo dentro de las prioridades de la institución, hoy se cuenta con el área de Vinculación Tecnológica que organiza y lleva a cabo servicios a terceros para diversos actores de la comunidad como Y-TEC, y otras empresas de la agroindustria.