Los principales objetivos del INFIVE son:

Profundizar el estudio de la fisiología y bioquímica de las respuestas de las plantas al estrés biótico y abiótico.
Desarrollar estudios moleculares y celulares de las interacciones de las plantas con los microorganismos.
Estudiar las bases bioquímicas, celulares y moleculares de los procesos del desarrollo de las plantas.
Estudiar la ecofisiología de especies de interés agronómico y forestal.
Formar recursos humanos a través de la incorporación de becarios y tesistas de maestrías y doctorados  , y, de pasantes y tesinistas de grado. 
Ejercer la docencia de grado   y de postgrado, y, la extensión universitaria.
Promover el intercambio científico con instituciones de investigación del país y del exterior.